乳糖不耐受的症状主要有消化系统相关表现、全身表现等。一般来说，乳糖不耐受人群在摄入含乳糖的食物后不久就可能出现症状。
消化系统常见症状
腹泻： 这是比较常见的症状之一。通常是因为乳糖不能被消化吸收，在肠道内导致渗透压增高，引起肠道水分分泌增加，从而出现腹泻。大便多为黄色或青绿色稀便，每天次数不等，可能2 - 3次到十几次不等。腹胀： 未被消化的乳糖在肠道内被肠道细菌发酵，产生气体，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。肚子会感觉鼓鼓的，有胀满不适的感觉。腹痛： 肠道内气体积聚以及蠕动异常等情况可能会引发腹痛。疼痛程度不一，可能是隐隐作痛，也可能是比较明显的胀痛。
全身相关症状
恶心呕吐： 部分乳糖不耐受者在出现消化道症状的同时，可能会伴有恶心，严重时会出现呕吐。这是因为胃肠道对乳糖不耐受引发的一系列反应，刺激到了胃肠道的神经，导致恶心呕吐症状出现。哭闹不安（婴幼儿）： 对于婴幼儿来说，如果发生乳糖不耐受，除了上述消化系统症状外，还可能表现为哭闹不安。因为他们无法用语言表达身体的不适，只能通过哭闹来传达，这是因为肚子不舒服，比如腹胀、腹痛等让他们感觉难受。
其他表现
屁多： 由于肠道内气体增多，所以排气也会相应增多。屁的次数比平时会明显增加，而且有时候可能会比较臭，这也是因为乳糖在肠道内被发酵产生了一些有气味的气体。