一般来说，在排除怀孕前患有腰部疾病的情况下，若怀孕三个月时腰疼得厉害，可能与以下因素有关，需完善B超等检查以确诊并及时进行治疗。
一、身体缺钙：
1.在怀孕期间，胎儿生长发育需要钙元素等营养物质作为养分，而如果母体没能及时补充足够的钙，就容易出现腰疼得厉害等缺钙表现，同时可能还伴有抽筋等症状。
2.针对这种情况，通常可以在医生指导下补充钙剂，这样能有效缓解疼痛、抽筋等不适症状。
二、腰肌劳损：
1.随着胎儿的生长，孕妇腰部会承受较大压力，同时为了更好地孕育和分娩胎儿，胎盘会分泌松弛素，促使关节韧带松弛，进而出现腰部疼痛表现。
2.此外，久坐、久站等不良姿势也容易增加腰部压力，使症状加重。对此，一般可以通过避免久坐、久站，适当进行散步活动，还可以通过按摩、热敷腰间部位，促进血液循环，从而起到缓解疼痛的作用。
三、流产：
1.胚胎染色体异常、母体受到病毒感染等因素，可能会导致自然流产，此时也会有腰疼得厉害的表现，同时还伴有阴道流血等症状，可以通过B超等检查来确诊。
2.确诊后，需根据胚胎情况开展治疗，如果胚胎发育良好，可继续妊娠，同时要注意休息，以避免类似情况再次发生。而如果胚胎发育不良，则需在医生建议下终止妊娠。
总之，怀孕三个月腰疼厉害可能是由多种原因引起的，需要仔细鉴别和针对性处理，以保障孕妇和胎儿的健康。