脑积水是由多种原因导致的，比如先天性因素，约占脑积水病因的40%左右，主要是胎儿在发育过程中出现脑室系统发育异常等情况。
先天性因素导致
神经管发育异常： 在胚胎发育早期，神经管闭合过程出现障碍，就可能引发脑积水。比如胚胎在妊娠早期2 - 4周时，神经管闭合不全，会影响脑脊液的正常循环通路。遗传因素： 某些遗传基因突变可能与先天性脑积水的发生有关，虽然具体的遗传方式和相关基因尚在研究中，但已有研究发现特定基因的突变会增加胎儿患先天性脑积水的风险。
获得性因素导致
颅内感染： 婴儿时期如果发生脑膜炎等颅内感染性疾病，炎症会导致脑脊液循环通路的粘连、堵塞。例如化脓性脑膜炎，炎症渗出物可能阻塞蛛网膜颗粒，影响脑脊液的吸收，进而引发脑积水，这种情况在儿童脑积水病因中占一定比例。颅内出血： 新生儿颅内出血，如早产儿脑室周围 - 脑室内出血，血液会淤积在脑室系统内，阻碍脑脊液的正常流动。大量出血会导致脑室系统受压，脑脊液循环通路受阻，从而引起脑积水。
其他获得性因素导致
颅脑外伤： 头部受到严重外伤后，颅内出血、脑组织损伤等情况可能影响脑脊液的循环。比如车祸导致的颅脑外伤，出血可能堵塞脑脊液的通道，使得脑脊液积聚，引发脑积水。肿瘤： 颅内肿瘤也可能导致脑积水，肿瘤会占据颅内空间，压迫脑脊液循环通路。例如第三脑室、第四脑室部位的肿瘤，容易阻塞脑脊液的循环，使脑脊液产生过多或吸收障碍，进而引发脑积水。