三个月大的宝宝睡觉摇头的原因可能是佝偻病、头部湿疹。
以下是关于这两种情况的详细阐述：
一、佝偻病：
1.佝偻病是由于儿童在成长过程中身体缺乏维生素D，导致体内钙、磷元素代谢紊乱，进而使骨组织发生畸形和软化。这种病在儿童快速生长时期较为常见。
2.解决方法：
(1)坚持母乳喂养，因为母乳中含有一定量的维生素D等营养成分。
(2)在医生指导下，每天口服适量的维生素D，必要时可同时服用钙剂，以补充钙质。
(3)多晒太阳，阳光中的紫外线有助于皮肤合成维生素D。
二、头部湿疹：
1.头皮湿疹是一种典型且有明显渗出的过敏性湿疹疾病，主要表现为头皮剧烈瘙痒、脱屑等不适症状，抓破后可能继发感染，出现糜烂、渗出液等情况，这也可能引起三个月大宝宝睡觉摇头。
2.解决方法：在医生指导下使用湿疹软膏进行治疗，鉴于宝宝年龄较小，通常不建议口服药物。
总之，当发现三个月大的宝宝睡觉摇头时，要注意排查是否存在佝偻病或头部湿疹等情况，及时采取相应的解决措施，以保障宝宝的健康成长。