怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵扯性疼痛，通常为轻微的隐痛或胀痛，休息后可缓解。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致肚子隐隐作痛。
3.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这也可能引起肚子疼痛，通常为轻微的牵拉痛。
4.其他：如先兆流产、宫外孕、子宫肌瘤等，也可能导致肚子疼痛。但这些情况通常还会伴有阴道出血、恶心、呕吐等其他症状。
如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他异常症状，如阴道出血、破水、胎动异常等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以排除潜在的风险。同时，在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食和营养均衡。如果有任何不适，应及时告知医生。