睡醒后一只眼睛特别疼，可能是由以下原因引起：
1.麦粒肿：
病因：麦粒肿是睫毛毛囊附近的皮脂腺或睑板腺的急性化脓性炎症。
原理：由于细菌感染导致眼睑腺体出现急性炎症，从而引起红肿、疼痛。
2.结膜炎：
病因：结膜是覆盖在眼睑内面和眼球前部眼白表面的一层黏膜，当结膜受到感染或刺激时，会引发炎症。
原理：炎症会导致结膜血管扩张、渗透性增加，从而出现眼睛红肿、疼痛、分泌物增多等症状。
3.虹膜炎：
病因：虹膜炎是虹膜的炎症，虹膜是眼睛内部的有色部分，它控制着瞳孔的大小。
原理：虹膜炎可导致眼部疼痛、畏光、流泪、视力模糊等症状。
4.青光眼：
病因：青光眼是一组以视神经萎缩和视野缺损为共同特征的疾病，病理性眼压增高是其主要危险因素。
原理：眼压升高会对视神经造成损害，引起眼睛疼痛、头痛、恶心、呕吐等症状。
针对不同的病因，治疗方法也有所不同：
1.麦粒肿：
早期可热敷，每日3~4次，每次15~20分钟。
局部使用抗生素滴眼液或眼膏，如左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏等。
如果麦粒肿已经形成脓肿，需要切开排脓。
2.结膜炎：
根据病因选择合适的抗生素或抗病毒滴眼液，如左氧氟沙星滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。
保持眼部清洁，避免揉搓眼睛。
注意休息，避免用眼过度。
3.虹膜炎：
散瞳是治疗的关键，可使用阿托品眼膏散瞳。
局部使用糖皮质激素滴眼液，如泼尼松龙滴眼液。
全身使用免疫抑制剂，如泼尼松龙片等。
4.青光眼：
降低眼压是治疗的关键，可使用毛果芸香碱滴眼液、噻吗洛尔滴眼液等药物降低眼压。
如果药物治疗效果不佳，需要进行手术治疗，如小梁切除术、青光眼引流阀植入术等。
如果睡醒后一只眼睛特别疼，建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意眼部卫生，避免用眼过度，保持充足的睡眠。