睡醒后只有一个眼睛眨眼疼，可能与以下原因有关。
麦粒肿：
定义：麦粒肿是睫毛毛囊附近的皮脂腺或睑板腺的急性化脓性炎症。
病因：金黄色葡萄球菌感染是麦粒肿最常见的原因。
症状：患处有红、肿、热、痛急性炎症表现，触诊时可摸到硬结及压痛。当脓液局限积聚时出现黄色脓头，外麦粒肿发生在睫毛根部皮脂腺，表现在皮肤面；内麦粒肿发生在睑板腺，表现在结膜面，破溃排脓后疼痛缓解，红肿消退。
治疗：
早期湿热敷或旋磁理疗促进浸润吸收或硬结迅速化脓。
当脓肿形成后，需要切开排脓。
若脓肿自行穿破，可用干净棉花轻轻拭去。
对顽固的经常发作的病例，可用自体免疫疗法。伴有全身发热，耳前、颌下淋巴结肿大者可给抗生素类药物治疗。
睑缘炎：
定义：睑缘炎是睑缘表面、睫毛毛囊及其腺体组织的亚急性或慢性炎症。
病因：睑缘炎可因细菌、脂溢性皮炎或局部的过敏反应所引起，且常合并存在。
症状：患者自觉眼痒、烧灼感和异物感，睑缘会充血、肿胀，睫毛和睑缘表面附着上皮鳞屑或痂皮，去除鳞屑和痂皮后，暴露出充血的睑缘，但无溃疡。
治疗：
去除诱因和避免刺激因素，如有屈光不正应予以矫正。
每日清洗睑缘，局部用抗生素或磺胺眼膏，如有结膜炎或角膜炎应同时治疗。
倒睫：
定义：指睫毛向后方生长，以致触及眼球的不正常状况。
病因：倒睫的原因常由于眼睑内翻，睑缘炎特别是溃疡性睑缘炎后引起的毛囊部瘢痕收缩所致。此外，睑缘赘皮、睑烧伤、睑外伤等也可导致睑缘粘连，睫毛倒卷。
症状：患者会感觉眼睛有异物感、刺痛、流泪，有少量黏液或黏液脓性分泌物。如果倒睫数量较少，可直接用睫毛镊拔除。如果倒睫数量较多或眼睑内翻时，应去医院进行手术矫正。
其他：
眼部感染：如结膜炎、角膜炎等，也可能导致眼睛眨眼疼。
用眼过度：长时间使用电脑、手机等电子设备，或长期阅读、写作等，可导致眼睛疲劳、干涩，从而引起眨眼疼。
眼部外伤：眼部受到外伤，如撞击、挤压等，也可能导致眼睛眨眼疼。
如果睡醒后只有一个眼睛眨眼疼，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，避免长时间用眼，保持充足的睡眠。