卵巢巧克力囊肿的根治方法主要包括以下几种：
1.手术治疗：
腹腔镜手术：是治疗卵巢巧克力囊肿的常用方法之一。通过在腹部插入腹腔镜器械，医生可以直接观察卵巢囊肿的情况，并进行手术切除。腹腔镜手术具有创伤小、恢复快等优点。
开腹手术：对于较大或复杂的卵巢巧克力囊肿，可能需要进行开腹手术。这种手术方法的创伤较大，但在某些情况下可能更适合。
2.药物治疗：
口服避孕药：通过调节激素水平，减少月经来潮，缓解痛经等症状。
孕激素：可以抑制子宫内膜生长，减少囊肿的形成。
其他药物：如达菲林、诺雷德等，可通过抑制卵巢功能，缓解症状。
3.其他治疗方法：
介入治疗：通过血管介入的方法，将药物直接注入囊肿内，破坏囊肿组织。
中医治疗：中医认为卵巢巧克力囊肿与气血凝滞、肾虚肝郁等有关，可采用中药调理、针灸等方法治疗。
需要注意的是，卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗方案，并定期进行复查，以评估治疗效果。此外，患者还应注意生活方式的调整，保持良好的心态，避免过度劳累和压力。如果出现症状加重或其他异常情况，应及时就医。