三个月宝宝恶心干呕，可能由以下原因引起：
1.生理因素：
胃容量较小：三个月的宝宝胃容量较小，且呈水平位，容易发生干呕。
吞咽功能不完善：宝宝的吞咽功能尚未完全发育成熟，可能会导致食物或分泌物刺激咽喉，引起干呕。
进食过多：如果宝宝进食过多，可能会导致胃部胀满，引起恶心干呕。
2.病理因素：
上呼吸道感染：宝宝上呼吸道感染时，可能会出现鼻塞、流涕等症状，导致呼吸不畅，从而引起恶心干呕。
消化不良：宝宝消化系统尚未完全发育成熟，容易出现消化不良，如腹胀、腹痛、恶心等症状。
胃炎：如果宝宝患有胃炎，也可能会出现恶心干呕的症状。
其他：如肠道感染、肺炎等疾病，也可能会引起宝宝恶心干呕。
针对宝宝恶心干呕的情况，可以采取以下措施：
1.调整喂养方式：
适量喂食：避免宝宝进食过多。
注意喂奶姿势：喂奶时应将宝宝头部抬高，让宝宝含住乳头和大部分乳晕，避免吸入过多空气。
拍嗝：喂奶后应及时拍嗝，帮助宝宝排出胃部空气。
2.保持口腔清洁：及时清理宝宝口腔内的分泌物，保持口腔清洁。
3.观察宝宝情况：注意观察宝宝的精神状态、食欲、体温等情况，如有异常，应及时就医。
4.就医治疗：如果宝宝恶心干呕症状持续不缓解或伴有其他症状，如发热、咳嗽、腹泻等，应及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果宝宝出现恶心干呕的情况，建议及时就医，以便明确病因，采取相应的治疗措施。同时，在宝宝喂养过程中，应注意卫生，保持宝宝的口腔清洁，避免感染。