月经结束后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。以下是一些可能的情况：
1.安全期：一般来说，月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天加在一起称为排卵期。除了排卵期和月经期，其他时间都属于安全期。月经结束后第三天可能处于安全期，但安全期并非绝对安全，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而改变。
2.额外排卵：有些女性可能会出现额外排卵，即在安全期也会排卵。这种情况虽然比较少见，但仍有可能导致怀孕。
3.精子在体内存活时间：精子在女性体内可能存活2-3天，如果在排卵前有精子进入女性体内，仍然有怀孕的可能。
如果您担心怀孕，可以考虑以下措施：
1.紧急避孕药：在无保护性行为后的72小时内服用紧急避孕药，可以降低怀孕的风险。但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，且可能会引起月经紊乱等副作用。
2.常规避孕方法：使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等常规避孕方法可以更有效地避免怀孕。
3.观察月经情况：如果月经推迟超过一周，应进行验孕检查，以确定是否怀孕。
需要注意的是，每个人的月经周期和排卵情况都有所不同，安全期避孕法并不可靠。如果您对避孕或怀孕问题有任何疑虑，建议咨询医生或计划生育专业人士，他们可以根据您的具体情况提供更准确和个性化的建议。此外，如果您没有怀孕的计划，在进行性行为时应始终采取适当的避孕措施，以保护自己的身体健康。