月经结束后的第三天进行性行为，一般不会怀孕，但也不是绝对的。
首先，我们需要了解女性的排卵时间。排卵通常发生在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天加在一起称为排卵期。月经刚结束时，女性体内的卵子尚未发育成熟，子宫内膜也处于增生期，不具备受孕的条件。
然而，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变，尤其是对于月经周期不规律的女性来说，排卵时间更是难以准确预测。此外，精子在女性体内可以存活数天，等待卵子的排出，因此在排卵期前后进行性行为都有怀孕的可能。
虽然月经结束后的第三天怀孕的几率较低，但仍然不能完全排除怀孕的风险。如果您暂时没有生育计划，建议在每次性行为中都采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，保持良好的生活习惯，如规律作息、健康饮食、减少压力等，也有助于维持月经周期的正常。
需要注意的是，每个人的身体状况都不同，如果您对怀孕的风险存在疑虑，或者出现月经异常、恶心、呕吐等怀孕症状，应及时就医进行检查，以确定是否怀孕。同时，如果您有其他健康问题或正在服用药物，也应咨询医生的意见，以确保性行为的安全和健康。