月经结束第三天同房是否会怀孕，取决于女性的月经周期是否规律。如果月经周期规律，一般不会怀孕，但也不能完全排除怀孕的可能。以下是关于这个问题的具体分析：
1.一般不会怀孕：月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天加在一起称为排卵期。月经结束第三天属于安全期，此时同房怀孕的几率较小。
2.可能会怀孕：虽然月经结束第三天属于安全期，但女性的排卵可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而提前或推迟，因此安全期并非绝对安全。如果女性的月经周期不规律，或者存在其他影响排卵的因素，那么在月经结束第三天同房也可能会怀孕。
3.其他情况：除了怀孕，月经结束第三天同房还可能导致以下情况：
感染：月经期间宫颈口张开，此时同房容易将细菌带入子宫，引起感染。
子宫内膜异位症：经期同房可能导致经血倒流，使子宫内膜碎片种植在子宫以外的部位，从而引起子宫内膜异位症。
免疫性不孕：经期同房可能导致精子抗体产生，从而引起免疫性不孕。
需要注意的是，以上情况并非一定会发生，只是存在一定的风险。如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。同时，也要注意个人卫生，避免感染。如果出现月经异常、腹痛等不适症状，应及时就医。