月经结束第三天同房是否会怀孕，不能一概而论，这主要与女性的月经周期、经期长短以及是否排卵有关。一般来说，月经结束第三天属于安全期，怀孕的几率较小，但也有怀孕的可能。
以下是一些可能的情况：
1.安全期：如果女性的月经周期规律，经期较短（少于7天），月经结束第三天通常处于安全期，怀孕的几率较低。但需要注意的是，安全期并非绝对安全，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而提前或推迟。
2.额外排卵：少数女性可能会出现额外排卵，即使在月经期间或月经刚结束时也可能受孕。这种情况比较罕见，但仍需引起注意。
3.精子存活时间：精子在女性体内可能存活数天，等待卵子受精。如果在排卵前有精子进入女性体内，仍然有怀孕的风险。
如果您担心怀孕，可以采取以下措施：
1.紧急避孕药：在同房后72小时内服用紧急避孕药，可以降低怀孕的风险。但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，且可能会引起月经紊乱等副作用。
2.常规避孕方法：使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等常规避孕方法可以更有效地避免怀孕。
3.观察月经情况：如果月经推迟超过一周，应及时进行验孕检查，以确定是否怀孕。
需要强调的是，每个人的身体状况和生理周期都有所不同，因此最好根据个人情况采取适当的避孕措施。如果对避孕或怀孕有任何疑问，建议咨询医生或专业的医疗机构。此外，保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、减少压力等，也有助于维持身体健康和生育能力。