月经快干净时小腹隐痛，可能是以下原因引起：
1.残留在子宫内的经血流出不畅，刺激子宫收缩，导致小腹疼痛。
2.月经期间，身体会分泌前列腺素，前列腺素会引起子宫收缩，帮助经血排出。如果月经快干净时，前列腺素水平仍然较高，可能会导致小腹疼痛。
3.月经期间，身体免疫力下降，容易感染细菌或病毒，引起盆腔炎、子宫内膜炎等妇科炎症，导致小腹疼痛。
4.月经期间，子宫内膜脱落，会形成创面，如果创面较大，恢复不好，可能会引起子宫内膜异位症，导致小腹疼痛。
如果月经快干净时小腹疼痛不严重，可以通过以下方法缓解：
1.热敷：用热水袋或热毛巾敷在小腹上，缓解疼痛。
2.按摩：轻轻按摩小腹，促进经血排出。
3.休息：保持充足的睡眠，避免过度劳累。
4.饮食调理：避免食用辛辣、生冷等刺激性食物，多吃温热、易消化的食物。
如果月经快干净时小腹疼痛严重，或伴有其他症状，如发热、白带异常等，可能是妇科疾病引起，需要及时就医，进行相关检查和治疗。