大便后肛门疼痛的原因可能有以下几点：
1.肛裂：
病因：肛裂是肛管皮肤全层纵裂后形成的小溃疡，常发于肛门后、前正中，以肛门周期性疼痛、出血、便秘为主要特点。
病因导致症状的原理：肛裂多由血热肠燥，大便秘结，排便用力过度，使肛门皮肤破裂，反复而发病。
治疗方法：急性或初发的肛裂可用坐浴和润便的方法治疗；慢性肛裂可用坐浴、润便加扩肛的方法；经久不愈、保守治疗无效且症状较重者可采用手术治疗。
2.外痔发炎：
病因：外痔被擦破或是发炎后都会感到疼痛。
病因导致症状的原理：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，红肿疼痛，排便时疼痛加重，并有少量分泌物，有的可伴有全身不适和发热。
治疗方法：一般采用熏洗的方法治疗，如果严重的话，就需要手术治疗了。
3.肛管恶变：
病因：肛管部位有恶性肿瘤，多为鳞状上皮癌，肛门边缘有硬性肿块，早期多为无症状，以后肿块增大，并有溃疡，易出血，疼痛明显，伴有恶臭。
病因导致症状的原理：肛管癌早期无特异性症状，或仅有肛门不适、瘙痒、下坠感，大便时肛门疼痛，程度较轻，呈间歇性，便后可自行缓解，或仅持续数分钟。
治疗方法：手术治疗为主，辅以放疗、化疗等综合治疗。
4.肛门脓肿或肛门异物：
病因：肛门周围皮下脓肿是引起肛门疼痛的常见原因。另外，直肠内异物损伤后感染，形成脓肿，也会引起肛门疼痛。
病因导致症状的原理：肛门周围皮下脓肿常伴有局部红、肿、热、痛，全身发热。直肠内异物时，肛门部可见到异物嵌顿，并有肛门下坠、疼痛、异物感等不适。
治疗方法：应用抗生素，热水坐浴，局部理疗，如不见好转，应切开引流。