先天性巨结肠的诊断及与功能性便秘的区别主要包括以下几个方面：
1.临床表现：
先天性巨结肠：患儿出生后即出现便秘，腹胀，呕吐，营养不良，发育迟缓等症状。
功能性便秘：患儿通常在出生后数天或数周后出现便秘，腹胀，食欲不振，哭闹等症状，但生长发育正常。
2.辅助检查：
先天性巨结肠：X线检查可见直肠壶腹部扩张，有大量气体和粪便积存，乙状结肠和降结肠明显狭窄，蠕动减弱。直肠活检可发现神经节细胞缺如或减少。
功能性便秘：X线检查多无异常发现，或可见结肠痉挛，直肠排空正常。
3.诊断方法：
先天性巨结肠：根据临床表现和辅助检查，一般可明确诊断。但对于不典型病例，可能需要进行直肠肛管测压，肌电图等进一步检查。
功能性便秘：首先排除其他可能导致便秘的疾病，如先天性巨结肠，甲状腺功能减退等。然后根据临床表现和辅助检查，综合判断是否为功能性便秘。
4.治疗方法：
先天性巨结肠：一旦确诊，应尽早手术治疗。手术方法主要为根治性切除术，术后需要进行长期的随访和治疗。
功能性便秘：治疗方法包括饮食调整，增加运动量，建立良好的排便习惯，使用开塞露，灌肠等。对于严重的便秘，可能需要使用泻药或其他药物治疗。
需要注意的是，先天性巨结肠和功能性便秘的诊断和治疗需要专业医生的指导。如果家长发现孩子有便秘症状，应及时带孩子到医院就诊，以便明确诊断和采取适当的治疗措施。