膝关节下蹲和起立时疼痛的原因可能有以下几点：
1.髌股关节炎：
病因：髌股关节炎是膝关节疼痛的常见原因之一，主要与髌股关节的结构异常、运动过度、创伤等因素有关。
症状：除了下蹲和起立时疼痛外，还可能伴有膝关节肿胀、僵硬、打软腿等症状。
治疗：治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗（如非甾体抗炎药）、注射治疗、手术治疗等。
2.半月板损伤：
病因：半月板损伤多由扭转外力引起，当一腿承重，小腿固定在半屈曲、外展位时，身体及股部猛然内旋，内侧半月板在股骨髁与胫骨之间受到旋转压力，而致半月板撕裂。
症状：半月板损伤后，通常会出现膝关节疼痛、肿胀、弹响、交锁等症状。下蹲和起立时疼痛可能是由于半月板损伤后，在膝关节屈伸过程中，半月板与股骨髁或胫骨平台之间发生摩擦或撞击所致。
治疗：半月板损伤的治疗方法包括保守治疗和手术治疗。保守治疗主要适用于半月板损伤较轻的患者，包括休息、物理治疗、药物治疗等。手术治疗适用于半月板损伤较重的患者，如半月板撕裂、破裂等。
3.膝关节滑膜炎：
病因：膝关节滑膜炎是一种无菌型炎症，是由于膝关节扭伤和多种关节内损伤而引起的。滑膜的功能异常会导致关节液无法正常生成和吸收，膝关节就会产生积液。滑膜的形态改变还会侵袭膝关节软骨，不及时治疗会导致膝关节骨性关节炎，存在很大的致残危机。
症状：主要表现为膝关节肿胀、疼痛、活动受限等。下蹲和起立时疼痛可能是由于滑膜炎症刺激，导致膝关节周围肌肉紧张，从而引起疼痛。
治疗：治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗（如非甾体抗炎药）、穿刺抽液等。如果滑膜炎症状严重，可能需要进行手术治疗。
4.其他原因：
膝关节骨关节炎：膝关节骨关节炎是一种退行性疾病，主要与年龄、肥胖、创伤等因素有关。除了下蹲和起立时疼痛外，还可能伴有膝关节僵硬、活动受限等症状。
膝关节韧带损伤：膝关节韧带损伤后，会出现膝关节疼痛、肿胀、活动受限等症状。下蹲和起立时疼痛可能是由于韧带损伤后，膝关节稳定性下降，导致疼痛加重。
膝关节感染：膝关节感染如化脓性关节炎、结核性关节炎等，也会出现膝关节疼痛、肿胀、发热等症状。
总之，膝关节下蹲和起立时疼痛的原因较多，如果疼痛症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。