月经干净后小肚子疼，可能与以下几种情况有关：
1.排卵性腹痛：月经干净后1-2周，可能会出现一侧下腹隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，这是由于卵泡破裂，卵子排出，卵泡液对腹膜的刺激引起的，通常持续1-2天后消失，这是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位到子宫直肠窝、子宫骶骨韧带等部位，会在月经干净后出现下腹疼痛，且疼痛可能会逐渐加重，还可能伴有性交痛、肛门坠胀等不适。
3.慢性盆腔炎：多发生在育龄妇女，主要表现为下腹部坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。
4.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫颈炎、子宫内膜息肉等也可能导致月经干净后小肚子疼。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、阴道分泌物异常等，建议及时就医，进行相关检查，如B超、妇科检查等，以明确病因，并进行针对性治疗。此外，在月经期间，应注意保暖，避免着凉，避免食用辛辣、刺激性食物，保持心情愉悦，避免过度劳累。