月经干净后肚子痛，可能是排卵期腹痛、妇科疾病、其他消化系统疾病等原因引起。具体分析如下：
1.排卵期腹痛：如果在两次月经中间，即排卵期时出现腹痛，可能是由于排卵导致的。排卵时，卵泡破裂，卵泡液对腹膜产生刺激，可引起腹痛，一般为单侧下腹部隐痛、钝痛或坠胀样疼痛，持续数小时至1-2天后自然消失。
2.妇科疾病：
盆腔炎：多发生在性活跃期的女性，主要表现为下腹部疼痛、阴道分泌物增多等。
子宫内膜异位症：异位的子宫内膜可侵犯全身任何部位，周期性出血，导致周围纤维组织增生和粘连，形成质硬而固定的结节，在盆腔形成粘连性肿块，出现痛经、性交痛、月经失调等症状。
子宫肌瘤：子宫肌瘤较大时，可压迫周围组织，引起下腹坠胀、疼痛等不适。
3.其他消化系统疾病：如肠炎、肠痉挛、肠梗阻等，也可导致月经干净后肚子痛。
患者在治疗期间需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，可适当食用清淡、易消化的食物，如米粥、面条、蔬菜等，避免食用辛辣、刺激性食物。同时，建议及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。