月经干净后肚子疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.排卵性腹痛：
排卵性腹痛是一种生理现象，通常发生在两次月经中间，即排卵期。排卵时，卵巢表面会形成一个小的凹陷，称为排卵窝。排卵后，卵泡液和血液会积聚在这个凹陷中，刺激周围的组织，引起腹痛。排卵性腹痛通常是单侧的，持续时间较短，一般为1-2天，可伴有少量阴道出血。
2.子宫内膜异位症：
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，如卵巢、子宫肌层、盆腔腹膜等。这些异位的子宫内膜组织在月经期间也会受到激素的影响而出血，但由于它们不在子宫内，无法排出体外，就会积聚在局部，刺激周围的组织，引起疼痛。子宫内膜异位症引起的腹痛通常比较严重，而且会逐渐加重，可在月经前后或经期出现。
3.盆腔炎：
盆腔炎是指女性盆腔内生殖器官及其周围结缔组织和盆腔腹膜发生的炎症。炎症可引起盆腔充血、水肿，刺激神经末梢，引起腹痛。盆腔炎还可能导致白带增多、性交疼痛、月经不调等症状。
4.其他原因：
子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫颈炎等妇科疾病也可能引起月经干净后肚子疼。此外，肠道疾病、泌尿系统疾病等也可能导致类似的症状。
如果月经干净后肚子疼的症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在月经期间应注意保暖，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于缓解月经不适症状。