睡觉起来眼睛肿痛，可能是以下原因导致的：
1.睡前饮水过多：如果在睡觉前大量饮水，水分会储存在眼周疏松的组织中，导致眼睛肿胀。
2.睡眠姿势不当：趴着睡觉或枕头过低，会使眼部血液循环不畅，引起眼睛肿胀。
3.过敏：如果对枕头、床垫或化妆品等过敏，可能会导致眼睛肿胀、瘙痒等症状。
4.眼部感染：如结膜炎、麦粒肿等，会导致眼部炎症，引起红肿、疼痛等症状。
5.其他：肾脏疾病、心脏疾病、内分泌失调等也可能导致眼睛肿胀。
如果眼睛肿痛症状持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意保持良好的睡眠姿势，避免睡前大量饮水，注意眼部卫生，避免过敏物质的接触。