肚脐下方三指的地方疼，可能与以下原因有关：
1.肠痉挛：这是一种常见的肠道疾病，通常由肠道气体积聚、饮食不当、肠道炎症等引起。疼痛可能是间歇性的，也可能是持续性的，同时可能伴有腹胀、腹泻等症状。
2.膀胱炎或尿道炎：这是泌尿系统的常见疾病，炎症可刺激膀胱或尿道，导致肚脐下方三指处疼痛，同时可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
3.盆腔炎：女性盆腔内的生殖器官及其周围的结缔组织、盆腔腹膜发生炎症时，可引起下腹部疼痛，尤其在性交、月经前后或劳累后加重。
4.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最常见。异位妊娠的早期表现为停经后腹痛与阴道流血，疼痛通常为一侧下腹部隐痛或酸胀感，当发生流产或破裂时，可引起腹腔内出血，甚至休克。
5.痛经：青春期女孩在月经初潮后，部分人会出现下腹坠胀、腰酸背痛、乳房胀痛、疲倦、嗜睡、易怒等症状，医学上称之为痛经。痛经分为原发性和继发性两种，原发性痛经指生殖器官无器质性病变的痛经，多见于青春期少女或未婚及已婚未育者，这种痛经在正常分娩后疼痛多可缓解或消失。而继发性痛经多因生殖器官有器质性病变所致，常见于子宫内膜异位症、子宫腺肌病、盆腔炎、子宫肌瘤等。
6.其他：如腹部受凉、腹肌拉伤、腹壁疝等也可能导致该部位疼痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，如腹部超声、血常规、尿常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。