睡觉咬舌头两侧疼醒了，可能是以下原因引起：
1.咬合关系不良：如果上下牙齿的咬合关系不正常，可能会导致睡觉时舌头被咬到。
2.口腔疾病：口腔溃疡、牙龈炎、牙周炎等口腔疾病也可能导致舌头被咬。
3.神经系统问题：神经系统问题，如帕金森病、癫痫等，可能导致睡觉时肌肉抽搐，从而咬伤舌头。
4.药物副作用：某些药物的副作用可能导致肌肉抽搐，从而引起睡觉时咬舌头。
5.其他因素：过度疲劳、压力过大、睡眠姿势不正确等也可能导致睡觉时咬舌头。
针对不同的原因，治疗方法也有所不同。如果是咬合关系不良，可以通过矫正牙齿来改善；如果是口腔疾病，需要及时治疗口腔疾病；如果是神经系统问题，需要针对病因进行治疗；如果是药物副作用引起的，可以咨询医生是否需要调整药物剂量或更换药物；如果是其他因素引起的，可以通过调整睡眠姿势、缓解压力、保证充足的睡眠等方法来改善。
如果经常出现睡觉时咬舌头的情况，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。