明目地黄丸和杞菊地黄丸均为滋肾养肝明目之剂，均有治疗肝肾阴虚、目涩畏光、视物模糊、迎风流泪的功效，但在药物组成、功效主治及不良反应上略有区别。
明目地黄丸是在杞菊地黄丸的组方基础上，增加了当归、白芍、白蒺藜、石决明等药物，增强了养血、活血、清肝、明目的作用。用于治疗肝肾阴虚、目涩畏光、视物模糊、迎风流泪。
杞菊地黄丸组方中重用枸杞子、菊花，以增强滋阴、养肝、明目的作用，另外还配以熟地、山茱萸、山药、泽泻、丹皮、茯苓，以滋补肝肾、清热降火。主要用于治疗肝肾阴虚、眩晕耳鸣、羞明畏光、迎风流泪、视物昏花。
此外，杞菊地黄丸和明目地黄丸均禁用于对其成分过敏者。其中，明目地黄丸的不良反应尚不明确；杞菊地黄丸的不良反应也尚不明确，但服用时需注意，因其组方中偏于滋养，故消化不良、胃脘痞满、大便稀溏者需谨慎服用。