艾灸主要通过燃烧艾草产生温热刺激来发挥作用，常见的使用方法有直接灸和间接灸等。
直接灸
直接将艾炷放在穴位皮肤上点燃施灸，分为瘢痕灸和无瘢痕灸。瘢痕灸是让艾炷燃尽，局部会形成瘢痕，常用于治疗哮喘等慢性疾病；无瘢痕灸则是艾炷燃至七成左右，患者有温热感时除去艾炷，一般不会留瘢痕，适用于虚寒性病症。
间接灸
在艾炷与皮肤之间隔上某种物品来施灸，常见的有隔姜灸，将姜片切成薄片，中间扎孔，放在穴位上，再放艾炷灸，可用于风寒湿痹等病症；隔蒜灸是用蒜片垫在穴位上施灸，多用于治疗瘰疬、肺痨等；隔盐灸是用食盐填敷脐部，上置艾炷施灸，常用于治疗急性腹痛、吐泻等急症。
对于儿童，由于其皮肤娇嫩，耐受能力较差，使用艾灸时要特别注意温度和距离，避免烫伤，一般采用温和灸且距离皮肤稍远些，施灸时间也不宜过长；老年人皮肤感觉相对迟钝，使用艾灸时要密切关注局部皮肤反应，防止烫伤；对于孕妇，腹部及腰骶部一般不宜施灸，以免引起不适或影响胎儿；有出血倾向的患者，不宜采用直接灸的方法，防止出血加重。在生活方式方面，施灸后不宜立即用冷水洗手或洗澡，要注意保暖，避免受寒。