大便时肛门疼的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：（1）肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，（2）典型临床表现为肛门疼痛、便秘和出血。
2.外痔：（1）肛缘皮肤皱襞突起，（2）皮下有紫气，（3）触痛明显。
3.内痔：（1）以便血、痔核脱出为主要症状，（2）严重时会出现喷射状出血。
4.肛管或直肠的肿瘤：（1）肛门部有下坠感，（2）大便次数增多，（3）便意频数，（4）里急后重，（5）脓血便，（6）消瘦，（7）贫血。
以上只是一些常见的原因，还有其他一些可能导致大便时肛门疼的情况。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，以便明确诊断并进行相应的治疗。