三周岁宝宝身高才90cm是偏矮的，可能是由以下原因引起：
1.遗传因素：如果父母身高较矮，孩子可能会受到遗传影响，身高相对较矮。
2.营养因素：孩子在生长发育过程中，如果营养摄入不足，可能会影响身高的增长。
3.疾病因素：某些疾病可能会影响孩子的身高发育，如生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症等。
4.睡眠因素：孩子的睡眠质量和时间对身高发育也有一定的影响。
5.运动因素：适当的运动可以促进孩子的身高发育。
如果发现孩子身高偏矮，家长可以带孩子到医院进行检查，以确定原因。如果是营养不足引起的，可以通过调整饮食来增加营养摄入；如果是疾病引起的，需要及时治疗；如果是睡眠或运动不足引起的，可以通过改善睡眠质量、增加运动量等方式来促进身高发育。
总之，孩子的身高发育受到多种因素的影响，家长需要关注孩子的生长发育情况，及时发现问题并采取相应的措施。