原发性痛经的病因主要是行经时子宫内膜前列腺素含量增高。
1.前列腺素含量升高：PGF2α含量升高时造成痛经的主要原因。PGF2α含量高可引起子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。
2.血管加压素、内源性缩宫素以及β-内啡肽：原发性痛经患者在行经时，子宫内膜和月经血中前列腺素（PG）F2α、PGF2α、E2和PGE2的含量明显高于正常妇女，导致子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。此外，血管加压素、内源性缩宫素以及β-内啡肽等物质的增加也与原发性痛经的发生有关。
3.精神、神经因素：部分患者对疼痛过分敏感。
4.其他：原发性痛经可能与子宫内膜以及月经血中前列腺素含量升高有关，而前列腺素含量升高与月经时子宫内膜合成和释放前列腺素增加有关。此外，原发性痛经还可能与血管加压素、内源性缩宫素以及β-内啡肽等物质的增加有关。