原发痛经的最主要原因是月经时子宫内膜前列腺素含量增高。
前列腺素含量升高时，会引起子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。此外，还可能与以下因素有关：
精神、神经因素：部分患者对疼痛过分敏感。
遗传因素：女儿发生痛经与母亲痛经有一定的关系。
内分泌因素：月经期，子宫内膜前列腺素含量增高，PGF2α含量升高时造成痛经的主要原因。PGF2α含量高可引起子宫平滑肌过强收缩，血管痉挛，造成子宫缺血、乏氧状态而出现痛经。
子宫颈管狭窄：主要是月经外流受阻，引起痛经。
子宫位置异常：若妇女子宫位置极度后屈或前屈，可影响经血通畅而致痛经。
子宫发育不良：子宫发育不佳容易合并血液供应异常，造成子宫缺血、缺氧而引起痛经。
妇科病：如子宫内膜异位症、盆腔炎、子宫腺肌症、子宫肌瘤等。子宫内放置节育器（俗称节育环）也易引起痛经。