打黄体酮三个月后肿痛，可能是药物刺激、感染、局部损伤等原因引起。可以采取以下措施。
1.停止注射：如果肿痛是由于药物刺激引起，停止注射黄体酮后，肿痛可能会逐渐缓解。
2.热敷：用热毛巾、热水袋等热敷肿痛部位，每次15~20分钟，每天数次，有助于促进血液循环，缓解肿痛。
3.注意休息：避免剧烈运动和长时间站立，休息时可以将患肢抬高，促进血液回流，减轻肿痛。
4.观察病情：如果肿痛持续不缓解或加重，或出现发热、局部皮肤发红等感染症状，应及时就医。
5.就医治疗：医生会根据具体情况进行治疗，可能包括以下措施。
药物治疗：如果肿痛是由于感染引起，医生会使用抗生素进行治疗；如果是局部损伤引起，可能会使用止痛药物、活血化瘀的药物等。
穿刺抽液：如果肿痛是由于局部积液引起，医生可能会进行穿刺抽液。
其他治疗：如果肿痛严重，影响正常生活，医生可能会考虑其他治疗方法，如手术治疗等。
总之，如果打黄体酮三个月后出现肿痛，应及时就医，明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，在注射黄体酮期间，应注意观察局部情况，如有异常应及时告知医生。