打黄体酮三个月后肿痛，可能与以下原因有关。
1.药物不良反应：黄体酮是一种孕激素，长期使用可能会导致局部组织水肿、疼痛。
2.注射操作不当：如果注射部位不正确、注射速度过快或注射时刺激了局部神经，也可能引起肿痛。
3.感染：注射部位如果发生感染，如细菌感染、病毒感染等，也会出现肿痛。
4.其他：如果患者本身有乳腺疾病、子宫肌瘤等，使用黄体酮后可能会加重病情，导致肿痛。
针对打黄体酮三个月后肿痛的情况，可以采取以下措施。
1.观察：如果肿痛症状较轻，可以先观察一段时间，看看是否会自行缓解。
2.热敷：用热毛巾或热水袋热敷注射部位，每次15~20分钟，每天数次，有助于缓解肿痛。
3.按摩：轻轻按摩注射部位，也可以缓解肿痛。
4.就医：如果肿痛症状严重，或伴有发热、发红等感染症状，应及时就医，医生可能会建议使用抗生素治疗。
此外，如果患者对黄体酮过敏，或有其他禁忌症，应避免使用。在使用黄体酮期间，应注意注射部位的清洁，避免感染。同时，应按照医生的建议使用药物，不要自行增减剂量。如果出现任何不适，应及时告知医生。