打黄体酮三个月后肿痛，可能与以下原因有关。
1.药物不良反应：黄体酮是一种孕激素，长期使用可能会导致局部组织充血、水肿，从而引起肿痛。这种情况通常是暂时的，停药后会逐渐缓解。
2.过敏反应：少数人可能对黄体酮过敏，注射后会出现过敏反应，如红肿、瘙痒、疼痛等。
3.感染：如果注射部位没有做好消毒工作，可能会导致感染，引起肿痛。
4.其他：如注射部位不当、个体差异等也可能导致肿痛。
如果打黄体酮三个月后肿痛，建议采取以下措施。
1.观察：如果肿痛不严重，可以先观察一段时间，看是否会自行缓解。
2.热敷：用热毛巾或热水袋热敷肿痛部位，每次15-20分钟，每天数次，可促进血液循环，缓解肿痛。
3.就医：如果肿痛持续不缓解或加重，或伴有发热、发红等症状，应及时就医，医生可能会进行相关检查，如血常规、B超等，以确定肿痛的原因，并给予相应的治疗。
需要注意的是，在使用黄体酮期间，应遵医嘱按时用药，不要自行增减剂量或停药。同时，要注意注射部位的清洁卫生，避免感染。如果出现任何不适，应及时告知医生。