打黄体酮三个月后肿痛，可能是以下原因引起：
1.药物副作用：打黄体酮后，部分人可能会出现局部肿痛的不良反应，这是药物的常见副作用之一。通常这种肿痛会在停药后逐渐缓解。
2.感染：如果在打针过程中没有做好消毒措施，或者打针部位沾水导致感染，也可能引起肿痛。
3.局部损伤：打针时操作不当，或者打针后剧烈运动导致局部损伤，也会引起肿痛。
4.其他：乳腺疾病、内分泌失调等也可能导致打针部位肿痛。
如果肿痛症状较轻，可以先观察一段时间，同时注意保持打针部位清洁，避免挤压、摩擦。如果肿痛持续不缓解或加重，或者出现发热、发红等异常症状，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
在治疗方面，医生可能会根据具体情况采取以下措施：
1.药物治疗：如果肿痛是由感染引起，医生可能会开一些抗生素进行治疗。如果是药物副作用引起，通常不需要特殊处理。
2.物理治疗：如热敷、按摩等，可以缓解肿痛症状。
3.对因治疗：如果肿痛是由其他疾病引起，需要针对原发病进行治疗。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果对打黄体酮后的肿痛有疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和治疗。同时，在打针期间应遵循医生的指导，注意个人卫生和护理，避免剧烈运动和过度劳累。