咽峡炎通常是由于肠道病毒感染所引起的，根据咽峡炎疾病的严重程度，临床症状也有很大的差异。
通常情况下，轻度的咽峡炎会出现一至两天的轻中度发热，但是严重的咽峡炎疾病是非常急的，而且表现为骤起高热，体温能够达到40℃，五至七天后体温才会下降，在体温过高时，极其可能会出现高热惊厥、烦躁不安、呕吐、腹泻的症状。
咽峡炎的临床症状有：高热、烦躁不安、食欲减退、流口水、全身不适、咽痛、起病急骤等，对于一些年龄较小的患者出现咽峡炎，同时会伴有呕吐和惊厥的症状发生，而且口腔粘膜很容易出现少数灰白色疱疹。一些患者也可能会出现口水增多的症状，而且拒绝喝水，吃东西，因为咽峡部溃疡，当进食和进水时很容易造成咽部疼痛。
机体患有咽峡炎时常见的症状有如上几种，症状和手足口病的症状非常相似，要将两者进行区分，以免在治疗时误诊，耽误了病情的治疗。
