怀孕46天胚胎停育的原因可能有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。约50%-60%的早期流产是由胚胎染色体异常引起的。
2.母体因素：
内分泌异常：黄体功能不足、甲状腺功能减退等内分泌疾病可能影响胚胎发育。
子宫畸形：子宫纵隔、子宫黏膜下肌瘤等子宫畸形可能影响胚胎着床和发育。
生殖道感染：支原体、衣原体、风疹病毒、巨细胞病毒等感染可能导致胚胎停育。
免疫因素：自身免疫性疾病、同种免疫异常等可能影响胚胎发育。
其他：严重的营养不良、吸烟、酗酒、接触有害物质等也可能增加胚胎停育的风险。
3.父亲因素：精子染色体异常可能导致胚胎发育异常。
4.环境因素：长期接触放射性物质、化学物质等可能影响胚胎发育。
需要注意的是，胚胎停育的原因可能是多种因素综合作用的结果。如果发生胚胎停育，需要及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，在备孕和怀孕期间，应注意保持良好的生活习惯，避免接触有害物质，定期进行产前检查，及时发现和处理问题。