胚胎停育的原因较为复杂，据统计，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎自身因素
染色体异常： 胚胎染色体数目或结构异常是导致胚胎停育的重要原因。比如，常见的三体综合征，像13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等，这些异常的染色体情况会使胚胎无法正常发育，从而引发停育。而且，随着孕妇年龄的增加，卵子质量下降，染色体异常的概率也会升高，35岁以上孕妇胚胎染色体异常的发生率明显高于年轻孕妇。基因异常： 一些基因的突变或缺陷也可能影响胚胎的正常生长发育，导致胚胎停育。不过基因异常的情况相对染色体异常来说，占比相对少一些，但也是胚胎停育的一个因素。
二、母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致胚胎停育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退会使机体代谢减缓，影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育过程。一般来说，有甲状腺疾病病史的女性怀孕后，需要密切监测甲状腺功能。全身性疾病： 孕妇患有某些全身性疾病也可能导致胚胎停育。比如，严重的糖尿病未控制好时，高血糖环境会影响胚胎的发育；感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘感染胚胎，影响胚胎正常发育，甚至导致停育。孕妇如果在孕期感染了风疹病毒，在妊娠早期感染对胚胎的影响较大，可能引起胚胎停育等不良妊娠结局。免疫因素： 自身免疫异常会导致母体免疫系统攻击胚胎，从而引发胚胎停育。例如，抗磷脂抗体综合征，体内存在的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，导致胚胎得不到充足的营养供应而停育。还有一些其他的自身免疫性疾病，也可能通过免疫机制影响胚胎的发育。
三、父亲因素
精子质量问题： 男性精子染色体异常或精子质量差也与胚胎停育有关。如果精子的染色体存在异常，如染色体数目异常或结构异常，那么受精后形成的胚胎也很可能出现染色体异常，进而导致胚胎停育。另外，精子的活力低下、畸形率高等情况，也会影响胚胎的正常发育，降低胚胎着床和发育成功的概率。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触一些有毒的化学物质，如苯、甲醛等，这些化学物质可能通过呼吸道或皮肤吸收进入体内，影响胚胎的发育，增加胚胎停育的风险。比如在一些化工环境工作的孕妇，长期接触这些化学物质，胚胎停育的可能性会相对较高。放射性物质暴露： 孕妇接触过量的放射性物质，如X射线等，会对胚胎造成辐射损伤，影响胚胎细胞的分裂和分化，导致胚胎停育。在进行一些医疗检查时，如果不必要地接触了过量的放射性物质，就可能对胚胎产生不良影响。