胚胎停育的原因较为复杂，可能涉及多个方面。据相关医学研究，大约50%-60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关，这是早期胚胎停育最常见的原因。
染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 胚胎在发育过程中，由于各种原因导致染色体数目或结构异常，从而无法正常发育，最终引发停育。比如在卵细胞或精子形成过程中，染色体发生了错误的分裂，使得胚胎携带了异常的染色体组合。父母染色体异常遗传： 若父母一方或双方存在染色体平衡易位等异常情况，有可能遗传给胚胎，影响胚胎正常发育，增加胚胎停育的风险。
母体因素：
内分泌失调： 例如黄体功能不全，女性体内的黄体分泌的孕激素不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，一般在怀孕早期，孕激素水平若低于正常范围，就可能导致胚胎停育。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育进程。子宫异常： 子宫畸形，如纵隔子宫等，会影响胚胎着床和生长空间；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育；子宫内膜炎等子宫炎症也会对胚胎造成不利影响，炎症会产生一些有害物质，影响胚胎的正常发育。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身产生了针对胚胎的抗体，像抗磷脂抗体阳性等情况，这些抗体可能会攻击胚胎，导致胚胎停育。自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮等，也会通过免疫机制影响胚胎的正常发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎识别为“外来物”进行攻击，使得胚胎无法在子宫内正常存活，从而引发停育。
外界因素：
环境因素： 长期接触过多的放射性物质，如在放射科工作未做好防护等，或者接触大量的化学毒物，像苯、甲醛等，都可能影响胚胎发育，增加胚胎停育的几率。不良生活习惯： 孕期大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胚胎产生毒害作用，干扰胚胎的正常发育过程；过度劳累、长期处于压力过大的状态等，也可能影响内分泌和身体的整体状态，进而影响胚胎发育。