胚胎停育的原因较为复杂，据相关医学研究，约50% - 60%的胚胎停育与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 胚胎自身染色体数目或结构存在异常是导致停育的重要原因。比如常见的三体综合征，即染色体数目多了一条，这种异常会使胚胎无法正常发育，从而引发停育。而且随着孕妇年龄增长，胚胎染色体异常的概率会增加，35岁以上孕妇胚胎染色体异常的发生率明显高于年轻孕妇。基因异常： 某些基因的突变或缺陷也可能影响胚胎的正常发育进程，进而导致停育，但相对染色体异常来说，基因异常导致胚胎停育的比例相对低一些，但也是不可忽视的因素。
二、母体因素
内分泌异常： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，会分泌不足的孕激素，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，从而增加胚胎停育的风险。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰胚胎发育所需的内分泌平衡，导致胚胎停育的发生几率上升。全身性疾病： 孕妇患有一些严重的全身性疾病时，也可能引发胚胎停育。像严重的糖尿病未得到良好控制时，高血糖环境会影响胚胎的代谢等过程；严重的高血压会导致胎盘血流灌注不足，影响胚胎的营养供应，进而造成胚胎停育。免疫功能异常： 自身免疫性疾病患者，体内存在的自身抗体可能攻击胚胎，影响胚胎的正常着床和发育。比如系统性红斑狼疮患者，其免疫系统异常可能导致胚胎停育的发生。另外，同种免疫异常也可能引起胚胎停育，母体对胚胎的免疫排斥反应过强，使得胚胎无法在子宫内正常生长。
三、父亲因素
精子质量问题： 父亲的精子染色体异常也会影响胚胎的发育。如果精子携带异常的染色体，那么与卵子结合形成的胚胎就可能存在染色体方面的问题，从而增加胚胎停育的风险。例如，精子的染色体碎片率过高时，会影响胚胎的质量，导致胚胎停育的可能性增大。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇长时间接触一些有害的化学物质，如苯、甲醛等。这些化学物质可能通过呼吸道或皮肤吸收进入体内，干扰胚胎的正常发育过程，增加胚胎停育的发生概率。比如在一些新装修的含有高浓度甲醛的环境中工作或生活的孕妇，胚胎停育的风险会明显升高。放射性物质暴露： 孕妇接触过高剂量的放射性物质，如接受过X线等放射性检查且剂量过高时，放射性会对胚胎细胞造成损伤，影响胚胎的正常分裂和分化，进而引发胚胎停育。