两者的作用不一样，五子衍宗丸和金匮肾气丸虽然都属于补肾阳的中成药，但在药物组成、功效、主治病症上有一定区别。
1.药物组成：五子衍宗丸只有五味药，分别是枸杞子、菟丝子、覆盆子、五味子、车前子；金匮肾气丸由地黄、山药、山茱萸、泽泻、茯苓、牡丹皮、桂枝、附子这八味药组成。
2.功效：五子衍宗丸的主要功效是补肾益精，常用于治疗肾虚精亏所致的阳痿不育、遗精早泄、腰痛、尿后余沥；金匮肾气丸的主要功效是温补肾阳，化气行水，用于治疗肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷。
3.主治病症：五子衍宗丸主要针对肾精亏虚，金匮肾气丸则适用于肾阳虚。
需要注意的是，五子衍宗丸和金匮肾气丸均为处方药，应在医生的指导下合理使用。同时，在服用这两种药物期间，应避免食用辛辣、油腻、生冷等食物，以免影响药效。如果正在使用其他药物，也需要告知医生，以免药物之间发生相互作用。