跑步时肩胛骨疼可能与以下原因有关：
1.肌肉疲劳：跑步时肩胛骨周围的肌肉需要不断收缩和放松，如果运动过度或姿势不正确，可能导致肌肉疲劳和酸痛。
2.肌肉拉伤：在跑步过程中，突然的扭转或拉伸可能导致肩胛骨周围的肌肉拉伤，引起疼痛。
3.关节问题：肩胛骨与肋骨之间的关节（肩锁关节）或与脊柱之间的关节（肩胛胸关节）出现问题，如关节炎、滑囊炎等，也可能导致疼痛。
4.肋骨问题：肋骨骨折、肋软骨炎等肋骨问题也可能引起肩胛骨区域的疼痛。
5.神经系统问题：颈椎病、胸廓出口综合征等神经系统问题也可能导致肩胛骨疼痛。
6.其他原因：心脏疾病、肺部疾病等也可能引起肩部或肩胛骨区域的疼痛。
针对跑步时肩胛骨疼的问题，可以采取以下措施：
1.休息：停止跑步，给肩胛骨足够的休息时间，避免进一步加重疼痛。
2.拉伸：对肩胛骨周围的肌肉进行适当的拉伸，缓解肌肉紧张。
3.热敷或冷敷：根据个人情况，选择热敷或冷敷来减轻疼痛和肿胀。
4.调整跑步姿势：保持正确的跑步姿势，避免过度前倾或后仰，减轻肩胛骨的压力。
5.加强核心力量：通过锻炼腹部和背部的核心肌肉，增强身体的稳定性，减少肩胛骨的负担。
6.逐渐增加跑步强度：避免突然增加跑步的强度和距离，给身体适应的时间。
7.寻求专业帮助：如果疼痛持续时间较长、严重影响日常生活或伴有其他症状，应及时咨询医生或物理治疗师的建议。
需要注意的是，每个人的身体状况和疼痛原因可能不同，如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便制定针对性的治疗方案。此外，在跑步前进行充分的热身运动和拉伸，以及穿着合适的运动鞋，也有助于预防肩胛骨疼痛的发生。