大便时肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。可在医生的指导下使用利多卡因凝胶、硝酸甘油软膏等药物缓解疼痛，同时口服乳果糖等药物软化大便。
2.痔疮：内痔或混合痔脱出、嵌顿，可引起肛门括约肌痉挛，导致疼痛。可遵医嘱使用痔疮膏、痔疮栓等药物，必要时可通过手术治疗。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，可有肛门疼痛、肿胀、发热等症状。需要使用抗生素进行抗感染治疗，如头孢呋辛酯、阿莫西林等，形成脓肿后需手术切开引流。
4.肛管炎：长期的粪便刺激和不良的排便习惯，可导致肛管部位发生炎症，引起疼痛。可使用温水坐浴、局部外用抗生素等方法治疗。
5.其他：肛窦炎、直肠炎、直肠癌等也可能引起肛门疼痛。
如果大便时肛门疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、便血、肛门瘙痒等，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，保持良好的饮食习惯和排便习惯，多喝水，多吃蔬菜、水果，避免久坐久站，有助于预防肛门疾病的发生。