宝宝发烧39度睡着了，通常需要叫醒吃药。发烧是身体对抗感染的一种自我保护机制，但当体温过高时，可能会对宝宝的身体造成损害，尤其是在睡眠中。叫醒宝宝吃药的原因主要有以下几点：
1.避免高热惊厥：当体温超过38.5°C时，宝宝容易出现高热惊厥，尤其是在睡眠中。叫醒宝宝吃药可以及时降低体温，预防惊厥的发生。
2.防止脱水：发烧会导致宝宝体内水分流失，尤其是在睡眠中，宝宝可能不会主动喝水。叫醒宝宝吃药并给予适量的水分，可以预防脱水。
3.快速缓解症状：退烧药可以帮助宝宝快速缓解发烧引起的不适，如头痛、肌肉疼痛等，让宝宝能够舒适地休息。
需要注意的是，叫醒宝宝吃药时应采取轻柔的方式，避免吵醒宝宝过度哭闹。同时，在给宝宝服用退烧药之前，最好先咨询医生的意见，按照医生的建议使用药物。
此外，除了药物治疗，还可以采取以下措施帮助宝宝退烧：
1.保持适宜的环境温度：将室内温度控制在舒适的范围内，避免宝宝过热或过冷。
2.松解衣物：不要给宝宝穿过多的衣物，以免影响散热。
3.温水擦浴：用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，帮助散热。
4.多喝水：鼓励宝宝多喝水，以补充因发烧流失的水分。
如果宝宝的体温持续不降或出现其他异常症状，如呼吸急促、精神萎靡等，应及时就医。