宝宝发烧39℃时，如果睡着了，以下情况需要注意：如果之前未服用过退烧药，那一定要叫醒宝宝服用；如果已服用过退烧药但还未到再次服用时间，且宝宝睡觉时呼吸频率不快、无喘憋现象、手脚末梢循环良好不凉且温暖，那么可以不叫醒宝宝。
一、发烧时睡眠对恢复有好处，宝宝服用退烧药后安静入睡且非病态睡眠，不必唤醒。家长可为孩子采取一些辅助措施，如用凉毛巾放额头降温，用温水擦拭腋窝、肘窝、手心、脚心、腘窝、大腿根等部位进行物理降温。
二、在宝宝睡觉过程中，家长要监测体温变化。若配合物理降温后体温下降，可让宝宝继续睡觉休息；若经物理降温后体温未退至正常或有上升，同时宝宝手脚开始变凉，则需唤醒宝宝，及时带其就医退热，并且家长要多给宝宝喝温开水以利于退热。
总之，宝宝发烧39℃睡着后要根据具体情况判断是否叫醒，同时要做好体温监测和相应处理，以帮助宝宝尽快退热恢复健康。