体温35.9°C并伴有头疼，可能是由以下原因引起的。
1.感染：病毒、细菌等感染可能导致体温调节中枢失衡，引起发热和头疼。
2.药物副作用：某些药物，如抗生素、抗抑郁药等，可能会引起头疼等不良反应。
3.神经系统问题：紧张性头痛、偏头痛等神经系统问题可能导致头疼，而体温可能正常或偏低。
4.环境因素：长时间暴露在寒冷环境中，可能导致体温降低和头疼。
5.其他：脱水、低血糖、贫血等也可能引起类似症状。
针对病因，可以采取以下治疗方法。
1.对于感染引起的体温升高和头疼，需要根据具体病原体选择合适的抗生素或抗病毒药物进行治疗。同时，注意休息和补充水分。
2.如果是药物副作用导致，应及时告知医生，调整用药方案。
3.对于神经系统问题引起的头疼，可以使用止痛药、抗抑郁药等进行治疗。同时，还可以采取物理治疗、放松训练等方法缓解症状。
4.在寒冷环境中应注意保暖，避免长时间暴露。
5.针对脱水、低血糖、贫血等病因，需要及时补充水分、糖分和铁质等营养物质。
需要注意的是，如果头疼症状持续不缓解或伴有其他严重症状，如恶心、呕吐、意识不清等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取针对性的治疗措施。此外，保持良好的生活习惯，如合理饮食、适量运动、充足睡眠等，有助于预防头疼等不适症状的发生。