体温35.9°C并伴有头疼，可能是由以下原因引起：
1.正常的生理现象：有些人的基础体温可能偏低，尤其是在寒冷环境下或长时间处于低代谢状态时，可能会出现体温35.9°C并伴有头疼。此外，女性在生理期或怀孕期间，体温也可能略有波动。
2.感染：病毒、细菌等感染可能导致体温升高和头疼。如果头疼同时伴有其他感染症状，如流涕、咳嗽、喉咙痛等，可能是感冒、流感等呼吸道感染引起的。
3.神经系统问题：紧张性头痛、偏头痛等神经系统问题可能导致头疼，而体温正常。这些头痛通常与神经功能紊乱有关。
4.药物副作用：某些药物可能引起头疼，而体温可能不受影响。例如，某些降压药、抗抑郁药等可能有这种副作用。
5.其他健康问题：其他健康问题，如贫血、低血糖、低血压、颈椎病等也可能引起头疼，而体温正常或略有偏低。
如果体温35.9°C并伴有头疼，且症状持续不缓解或加重，建议采取以下措施：
1.休息：找一个安静、舒适的地方休息，放松身体和大脑。
2.补充水分：喝足够的水，以保持身体水分平衡。
3.观察症状：密切观察头疼的程度、频率和伴随症状是否加重。
4.避免诱因：尽量避免可能导致头疼的因素，如强光、噪音、压力等。
5.就医咨询：如果头疼严重、持续时间长、伴有其他异常症状或对日常生活造成严重影响，应及时就医。医生会进行详细的身体检查和评估，确定具体原因并给予相应的治疗建议。
需要注意的是，每个人的身体状况和症状表现可能不同，因此最好在出现不适时咨询医生的意见，以获得个性化的诊断和治疗建议。此外，保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、充足睡眠等，有助于维持身体健康和预防疾病的发生。