体温35.9℃且头疼可能由多种原因引起。比如环境因素，在寒冷环境中停留过久，身体散热增加，可能出现体温偏低伴头疼；还有可能是自身基础代谢率较低，或者服用了某些影响体温调节的药物等情况导致。
环境因素影响
低温环境暴露： 如果长时间处于温度较低的环境中，像冬季在户外没有做好保暖措施，身体会通过皮肤散热，热量散失过多就可能使体温降到35.9℃，同时寒冷刺激可能引起头部血管收缩，从而导致头疼。一般在进入温暖环境后，体温会逐渐回升，头疼也可能会缓解。空调温度过低： 在室内长时间使用温度过低的空调，同样会让身体散热加快，体温降低，并且头部血管受冷收缩，引发头疼。建议将室内空调温度调整到合适范围，比如26℃左右。
自身代谢因素
基础代谢率低： 部分人群基础代谢率较低，身体产生的热量相对较少，就容易出现体温偏低的情况，同时基础代谢低可能影响身体正常的生理功能，进而引发头疼。这类人群平时要注意适当增加营养摄入，保持合理的运动量来提高基础代谢水平。体质特殊： 一些体质比较特殊的人，比如老年人，身体机能衰退，体温调节能力下降，也更容易出现体温偏低伴头疼的情况。老年人要注意根据天气变化及时增减衣物，避免体温过度波动。
药物影响因素
服用某些药物： 比如服用了过量的退烧药，可能会导致体温过低，同时药物副作用可能引起头疼。如果是因为服药导致的这种情况，应及时咨询医生，看是否需要调整用药。还有一些抗高血压药物等，也可能对体温调节有一定影响，从而出现体温35.9℃伴头疼的现象。