性生活时小肚疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.生理原因：
性行为过程中，男性阴茎的抽动会对女性阴道、腹腔及盆腔器官产生剧烈刺激，女性可出现呼吸急促和整个身体不随意收缩的现象，这些可引起疼痛。但这是正常的生理反应，通常会在一段时间后自行缓解。
女性阴道口与尿道口、肛门临近，性生活时易将细菌带入尿道口引起感染，从而导致尿道炎、膀胱炎等，进而出现小肚疼的症状。
2.疾病原因：
盆腔炎：女性上生殖道及其周围组织的炎症，大多是由女性生殖系统有炎症而引起的。盆腔炎是妇科的常见病，炎症可局限于一个部位，也可以几个部位同时发病。常见症状为下腹痛、阴道分泌物增多、性交痛等。
子宫内膜异位症：这是具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位，异位的子宫内膜会随月经周期发生变化，导致局部组织出现充血、水肿，进而引起性交疼痛。
其他：阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等妇科疾病也可能导致性生活时小肚疼。
如果性生活时小肚疼的症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在性生活时，应注意个人卫生，保持生殖器官的清洁，避免过度劳累和精神紧张，以减少不适的发生。