睡醒后肩膀疼痛可能与以下原因有关：
1.睡姿不良：如果睡觉时长期保持不良姿势，如侧睡时手臂受压、俯卧时肩膀直接接触床面等，可能导致肩膀肌肉紧张、血液循环不畅，进而引起疼痛。
2.肩周炎：肩周炎又称“五十肩”，好发于50岁左右人群，主要表现为肩关节疼痛、活动受限。其病因尚不明确，可能与肩部劳损、受寒、感染等有关。
3.颈椎病：颈椎间盘退行性改变可能压迫神经根，导致颈肩部疼痛、上肢麻木等症状。如果颈椎病变影响到椎动脉，还可能引起头晕、头痛等不适。
4.外伤：睡觉时不小心撞到或挤压到肩膀，或进行剧烈运动导致肩膀受伤，都可能引起疼痛。
5.其他：心脏疾病、肺部疾病、胆囊炎等也可能引起肩部牵涉痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意保持良好的睡姿，避免长时间低头或伏案工作，适当进行肩部运动，注意肩部保暖。