怀孕三个月肚子疼可能由以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起轻微的肚子疼。这种疼痛通常是腹部的坠胀感或牵扯感，不会持续很长时间，而且不会伴有阴道出血。
2.韧带拉伸：怀孕期间，子宫周围的韧带会被拉伸，以适应子宫的增大。这也可能导致肚子疼，尤其是在变换体位或进行剧烈运动时。
3.消化不良：怀孕期间，激素水平的变化可能会影响消化系统的功能，导致消化不良、胃胀、胃痛等症状。这些不适也可能引起肚子疼。
4.其他原因：如腹部受凉、便秘、肠痉挛等，也可能导致肚子疼。
需要注意的是，如果肚子疼伴有阴道出血、剧烈疼痛、持续时间较长或其他异常症状，应立即就医，以排除其他潜在的问题，如先兆流产、宫外孕等。
在怀孕期间，为了保持身体健康，建议：
1.注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。
2.保持良好的饮食习惯，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物。
3.注意腹部保暖，避免受凉。
4.定期进行产前检查，及时发现和处理任何异常情况。
如果对肚子疼的原因或其他健康问题有任何疑虑，建议咨询医生或妇产科专家，以获得个性化的建议和指导。