打疫苗后发烧39°C且反复，可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的感染。以下是一些可能的原因：
1.疫苗不良反应：部分人在接种疫苗后，可能会出现发热等不良反应，通常为低热，一般持续1~2天，不需要特殊处理，可自行缓解。但如果体温超过38.5°C，或发热持续时间较长，或伴有其他不适症状，如头痛、乏力、恶心、呕吐等，可能是疫苗的不良反应较为严重，需要及时就医。
2.感染：接种疫苗后，人体的免疫力会暂时下降，此时如果接触了病原体，容易发生感染，如感冒、肺炎等，也会出现发热症状。此外，接种疫苗的部位如果发生感染，也会引起发热。
3.其他：接种疫苗后，还可能出现一些罕见的不良反应，如过敏反应、神经系统反应等，也可能导致发热。
如果出现打疫苗后发烧39°C且反复的情况，建议采取以下措施：
1.观察症状：注意观察体温变化，以及是否出现其他不适症状。
2.物理降温：如果体温没有超过38.5°C，可以采用物理降温的方法，如多喝水、温水擦浴、冷敷等。
3.就医：如果体温超过38.5°C，或发热持续时间较长，或伴有其他不适症状，应及时就医。医生一般会进行详细的检查，如血常规、C反应蛋白等，以明确发热的原因，并给予相应的治疗。
4.告知医生接种疫苗的情况：就医时应告知医生接种疫苗的情况，以便医生进行综合判断。
总之，如果打疫苗后出现发烧39°C且反复的情况，应密切观察症状，采取适当的措施，如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。同时，接种疫苗后应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持接种部位的清洁干燥。